CycloneSEQ细菌完成图重磅上市！“万种菌基因组计划”盛大开启，“微”你而来！
尽管高通量测序技术以高准确率著称，但较短的读长却限制了其在处理细菌基因组中的重复序列和高GC区域的能力。
华大CycloneSEQ纳米孔测序技术，凭借长读长的特点，能够穿越细菌基因组中的复杂区域，简化组装过程，增强组装的连贯性，从而产生无间隙的基因组组装结果。此外，该技术在研究基因组重复区域、功能和适应性方面具有明显优势，适合用于微生物基因组的结构和功能分析。
测试方案
1.样本类型：细菌标准品两个，纯培养细菌DNA样本11个
2.文库制备：华大纳米孔测序文库制备套装
3.测序策略：CycloneSEQ测序多样本pooling测序
4.数据分析：华大科技细菌完成图组装方案
01
核酸检测、测序长度和质量结果
多样本单cell pooling
图1 9个细菌样本DNA电泳检测图
图2 9个样本测序数据产量（Gb）
表1 9个样本混合pooling下机数据产出
选取9个样本pooling在一个cell（7个样本为正常起始量，2个样本为低起始量），图1电泳结果显示：长片段主带明显，样本无降解，DNA完整度高。建库后用CycloneSEQ测序，前20小时产量迅速上升，40小时以后趋于稳定。正常起始量样本产出1G左右数据量，两个低起始量建库产出不足1G，低起始量梯度和产出数据量梯度基本对应。 总体看来，单个样本产量较均一，读长比较稳定。
02
细菌基因组完成图解决方案和案例
图3 细菌基因组完成图解决方案
CycloneSEQ测序平台具有：不打断，不选择测序长度，基因组全覆盖，能保留质粒信息；无扩增，无GC偏好；实时测序，序列即得等优点，细菌基因组完成图解决方案如图3所示，对应策略推荐数据量如表2所示。
表2 CycloneSEQ测序数据推荐
利用CycloneSEQ测序平台细菌基因组解决方案对某细菌（命名为Bacteria1和Bacteria2，下同）测序分析得到了组装结果如表3、表4及图4、图5所示。
表3 Bacteria1组装策略和结果统计
图4 Bacteria1完成图图谱
表4 Bacteria2组装策略和结果统计
图5 Bacteria2完成图图谱
03
不同纳米孔测序平台细菌样本测序和组装对比
此外，还进行了不同纳米孔测序平台数据对比，数据结果如表5所示：
表5 不同纳米孔测序平台数据比较
我们测试了三个样本，其中E.coli和Bacteria1测了两种不同纳米孔平台，长度和错误率在平台间略有差异，经过相同的数量和组装策略分析，CycloneSEQ测序与进口品牌纳米孔测序结果一致，即相同的基因组组装长度，二者组装序列比对一致性为100%。Lambda直接组装成环，与 Reference序列比对，一致性为100%。
测试小结
此次测试结果显示，华大科技能够充分利用CycloneSEQ纳米孔测序平台的优势，对简单基因组和复杂基因组均有比较完善的解决方案。
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邮箱：info@genomics.cn
供稿：陈世璇、刘青
编辑：市场部
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